1917年，槟城阅书报社同人创立了锺灵学校。1923年，锺灵开设初中，成为马来半岛现存的第一所华文中学。1935年，锺灵中学搬入了槟城甘榜巴汝的现址。1956年，锺灵中学接受英殖民地政府的献议而改制，由一所民办的私立中学变为锺灵国民型中学。另外，为了解决当时华人社会普遍的超龄生问题，锺灵中学董事会于1962年复办私立中学，名为锺灵私立中学。1976年，锺灵中学董事会把锺灵私立中学改名为锺灵独立中学。锺灵私立中学复办初期，校舍是与国民型中学两校共用的。到了1965年，锺灵中学董事会把原学生宿舍改为锺灵私立中学的校舍。为了北海学子免受每周日舟车劳累之苦，锺灵中学董事会又于1986年创办了北海锺灵国民型中学。
锺灵中学董事会的任务是要按各自的需要持续的发展三校。槟城锺灵国民型中学起步的较早，也是一所政府控制中学，优秀的华小生的来源是得到教育局的保障的。早期锺灵中学的优良传统也继续的在槟城锺灵国民型中学发扬光大，学业与课外活动的表现都很强，因此校誉也高企。北海锺灵国民型中学也是一所政府控制中学，优秀的华小生的来源当然也是得到教育局的保障，学业与课外活动的表现也是出众的。私立中学复办初期是为了要收超龄生，因为走的是政府教育课程轨道，因此也变成收留国民型中学政府考试落第生的学校。后经1970年代全国独中复兴运动的影响有所改善，但仍因每年学生来源无法保证，财政入不敷出，董事会对独中的经营是惨淡的。但是为了传承华文教育，锺灵中学董事会还是咬紧牙根坚持把独中继续办下去。一直到了2012年前后，因为政府的教育政策朝令夕改，全国尤其北马报读独中的华小生激增，学生来源素质也越来越好，董事会也增强独中师资。锺灵独中从此就由量变而牵动质变。学业与课外活动的表现也蒸蒸日上。
2013年，槟州锺灵中学董事会举办了一个为期两天的内部研讨会，专题讨论了锺灵未来的发展。讨论的结果写成了一册白皮书。基本上，研讨会拟订了锺灵三校的宏愿为成为世界级中学，使命乃维护华文教育。另外，董事会有三项任务必须在短中期内完成，即
增设三个委员会-----教育委员会、 财务委员会及大蓝图发展委员会，
规划并完成三校硬体建设发展大蓝图，
独中达致学校行政上收支平衡的财务状况。
